蒲慕明等：当“病毒进化”远快于“信息传播”，学术期刊要有所作为
2020-02-14
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基于2002-2003年非典的经验，武汉新型冠状病毒最主要的威胁将会来自于它在人群中的不断进化。
大规模的基因组测序能够识别传染性毒株，因此序列数据应该及时地收集和共享。专业性学术期刊（包括NSR）应当促进这类信息迅速传播。
新型冠状病毒最初在中国武汉的肺炎患者中被发现，然后迅速成为公共卫生焦点事件。更加棘手的是，新型冠状病毒的大规模爆发正值流感发病高峰，而此前流感已经引起了世界范围内数千人的死亡。
于是在中国，原本很普通的流感病例，现在却会引起人们的焦虑和恐慌，也增加了对医疗系统的压力。
一些研究工作已经在短期内发表[1-7]。目前认为2019-nCov病毒可能起源于蝙蝠。
一项研究[7]发现新型冠状病毒与一种蝙蝠携带的冠状病毒相似度高达96.2%。对其他冠状病毒的研究显示可能存在中间动物宿主，但中间宿主是什么尚不明确。分类学研究认为2019-nCov是SARS病毒的远亲[1,7,8]。
潜在威胁——病毒在人群中的迅速进化
公众对病毒传播的关注点多在“数量”方面 – 更多病毒携带者会带来更多的潜在感染。但是，相比数量上的改变，更需要关注的是自然选择驱动的质变。
传染性毒株的增加首先会导致少量具有繁殖优势的毒株的产生。随后这些带有繁殖优势的克隆会在数量上占据主导，从而获得更多进一步进化的机会。病毒从蝙蝠到达人群身上后，进化仍然不会停止。
在2002-2003年非典爆发期间，就有研究观测到了这种发生在人群中的传染性的进化，即逐步进化出现了具有超级传染性的毒株。
从病毒株的基因组数据中，我们可以收集到这种进化的证据。
在SARS病毒中，最具侵略性的菌株在多个关键基因上存在突变，而这些突变需要时间来累积。通常认为在多数病人身上发现的占主导地位的单克隆是逐步形成的，它们最终可能进化成为超级病毒。
同样重要的是，那些在进化树上累积了许多突变的样本，但数量上较少的克隆，有可能蓄势待发，在短期内变成优势克隆。
1月中旬2019-nCoVs的威胁
目前已发表的针对2019-nCoVs的研究都集中在它与寄生于蝙蝠上的近缘物种之间的分化[1,4,7]。
已经发表的序列数据非常有限，无法解释病毒在人群中的进化。但目前30多个公开基因组数据(http://virological.org/; https://www.gisaid.org)为我们了解新型病毒提供了一个渠道。
正如相关研究所揭示[8]，2020年1月份上半月2019-nCoVs的进化是相对平和的。可以松一口气的是，在这一时期，不同的毒株是平行进化的，并没有产生占据主导性的毒株。
但一份包含3个来自广东和1个来自美国的样本组值得关注，这四个样本在一月中旬前已扩增，可能是更强病毒出现的征兆。
那么我们不禁要问，从1月中旬至今这个时间段里，病毒出现了怎样的进化。1月中旬以来的新病例可能预示了2019-nCoVs的进化方向，这也是未来的研究需要回答的问题。
病毒快速进化vs论文发表滞后 —— 问题的解决方案
毫无疑问，对2019-nCoVs病毒的测序工作应该涵盖所有地理区域和时间节点。
测序能够揭示最具有威胁性的毒株，对毒株的判断将对治疗方案的定夺和药物的研发产生影响，相关的检疫隔离措施也离不开这样的信息。这些信息应该在第一时间被研究人员和公众掌握。
但不容乐观的是，研究团队往往在相关文献正式发表后才能获得这些信息。
在互联网上，关于非授权使用未发表序列信息的争议热火朝天。学术论文发表的速度远不能满足序列数据实时发布的科研需求。
尽管科学论文的发表已经快马加鞭，但所刊登的序列主要还是1月中旬之前采集的，相关结论也已经在媒体上广泛流传。
基于此，我们建议学术期刊着手刊登那些对样本和序列有详尽描述的测序数据。
对这些数据的分析解释可能还并不深入，但是通过对这些数据的分析往往能获得重要的临床信息。通过这样的操作，我们能够保证相关测序工作被规范的引用。
基于这些数据更加深入的研究分析和解释终究会造福于民。NSR将开始接收这类投稿，并开通快速评审通道。
后续需要跟进的工作
解除当下危机之后，中国需要面对和处理野生动物贸易的根源问题。人员密集的社会更利于病毒的感染和传播，因此通常倾向于与野生动物保持一定的隔离。
而频繁接触野生动物的人居群落通常人口稀少。
高密度人群与野生动物的接触是危险的，即使这种接触不能够完全被消除，也需制定严格的规章制度加以控制。
此次疫情爆发与扩散距离非典爆发不到20年，我们需要从中吸取经验教训。
作者：吴仲义 蒲慕明
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